Fenerbahçe 2008-2009 sezonundan beri Şampiyonlar Ligi'nde gruplara kalamadı.Fenerbahçe son Şampiyonlar Ligi'ne katıldığı 2008-2009 sezonunda ligi 4. bitirdi ve UEFA Avrupa Ligi'ne katıldı. 3. ön eleme turunda Macaristan'ın Honved takımını eleyen Fenerbahçe 2. tura kadar yükseldi ve Fransa'nın Lille takımına elendi. Bursaspor'a şampiyonluğu son hafta kaptıran Fenerbahçe Şampiyonlar Ligi 2. ön eleme turunda İsviçre'nin Young Boys takımına elendi ve yoluna UEFA Avrupa Ligi'nde devam etti. Burada da 3.ön eleme turunda Yunanistan'ın PAOK takımına elenen Fenerbahçe Avrupa'ya erken veda etti. 2011-2012 sezonunda Şampiyonlar ligi gruplarına katılmasına rağmen şike iddiaları gerekçesiyle Avrupa'dan men edildi. Aynı sezonda da play-off ile son maçta Kadıköy'de şampiyonluğu Galatasaray'a kaptıran Fenerbahçe Şampiyonlar Ligi'ne katılmaya hak kazandı ve 2. turda Romanya'nın FC Vaslui takımını elemesine rağmen 3. ön eleme turunda Rusya'nın Spartak Moskova takımına elendi. Yoluna UEFA Avrupa Ligi'nde devam eden Fenerbahçe başarılı bir turnuva geçirdi ve yarı finale kadar yükseldi. Benfica'ya elenen Fenerbahçe final şansını son anda kaybetti. Fenerbahçe 2012-2013 sezonunu 2. olarak tamamladı ve Şampiyonlar Ligi'ne katılma hakkı kazandı. 3. ön eleme turunda Avusturya'nın FC Salzburg takımını eleyen Fenerbahçe play-off eşleşmesinde ise İngiltere'nin güçlü ekibi Arsenal'e elenmekten kurtulamadı ve bir kez daha Şampiyonlar Ligi'ne eleme turunda veda etti. Avrupa Ligi'nde mücadele etmesi beklenen Fenerbahçe CAS'tan gelen karar ile Avrupa kupalarından (o sezon dahil) 2 yıl men edildi. Fenerbahçe'nin yerine UEFA Avrupa Ligine Apoel katıldı.Fenerbahçe cezası nedeniyle 2014/15 sezonunda da Avrupa'da yer alamadı. 2015-2016'da Fenerbahçe sezonu 2. olarak tamamladı ve Şampiyonlar Ligi'nde mücadele etme hakkı kazandı. 3. ön eleme turunda Ukrayna'nın Shaktar Donetsk takımına elendi ve Şampiyon Ligi'ne eleme aşamasında veda etti. Avrupa'da yoluna devam eden Fenerbahçe Ivan Bebek'in kararlarının çok konuşulduğu Braga maçı ile UEFA Avrupa Ligi'ne son 16 turunda veda etti. Önceki sezonu Beşiktaş'ın ardından 2. olarak tamamlayan Fenerbahçe Şampiyonlar Ligi'ne katılma hakkı kazandı. Fransa'nın Monaco takımına elenen Fenerbahçe Şampiyonlar Ligi'ne 3. ön eleme turunda veda etti ve bir kez daha gruplara kalamadı. Fenerbahçe böylece Şampiyonlar Ligi hasretini 8 sezona çıkardı.