Endometriozisde tedavi, infertilite (kısırlık) veya ağrıyı azaltmak için yapılır. Laparoskopi sırasında endometriotik odakların çıkarılması uzun süreli bir rahatlama sağlamaktadır. Eğer bebek istemi söz konusu değilse, cerrahi tedavi sonrasında hastaya ek olarak endometriotik odakları baskılayıcı ilaç tedavisi de verilmektedir. Endometriozisin neden olduğu kısırlık tedavisinde, hastanın yaşı, kısırlığın süresi, kısırlık yapan başka patolojilerin olup olmadığı ve endometriozisin yaygınlık derecesi çok önemlidir. Tedavi bu bilgilerin ışığı altında yapılmalıdır. Günümüzde endometriozis ile ilişkili infertilitede cerrahi tedavi ve özellikle de laparoskopik cerrahi yaklaşım çok büyük önem kazanmıştır. Laparoskopik cerrahi sırasında tüm endometriozis odakları ve varsa çikolata kistleri çıkarılmaktadır. Günümüzde laparoskopik cerrahi açık cerrahiye oranla daha fazla tercih edilmektedir. Operasyon süresinin, hastanede kalış ve iyileşme sürelerinin kısa olmasından dolayı laparoskopik cerrahi endometriozisin tedavisinde ilk seçenek olmalıdır. Burada dikkat edilmesi gereken en önemli konu cerrahi sırasında yumurtalık dokusunun korunmasıdır. Tekrarlayan cerrahi girişimlerden kaçınılması ve laparoskopik cerrahi konusunda deneyimli olmak bu nedenle önemlidir. Laparoskopik cerrahi tedavi yaklaşımı endometriozisle ilişkili infertilitede gebeliği sağlayamaz ise tüp bebek tedavisi kaçınılmaz olmaktadır. Genel olarak, tüp bebek tedavisi diğer tedavi yöntemlerinin başarısız olduğu, ileri evre hastalığı, uzun süreli kısırlık öyküsü olan endometriozisli kadınlara önerilmektedir.”