Rumların 21 Aralık 1963 tarihinde Türklere karşı başlattıkları saldırıların ardından oluşturulan Genel Komite'nin başkanlığını yaptı. 27 Aralık 1967 tarihinde kurulan Geçici Kıbrıs Türk Yönetimi'nde başkanlığa getirildi. Dr. Fazıl Küçük, 18 Şubat 1973 tarihinde Cumhurbaşkan Muavinliği'nden ayrılarak, yerini Rauf R. Denktaş'a bıraktı. Ancak gazetesindeki mücadeleyi sürdürerek, Halkın Sesi'ni Kıbrıs Türkü'nün davasına bayrak yapmaya devam etti. Siyaset hayatını sürdürdü. Halkın haklı taleplerini savunmaktan geri kalmadı. Dr. Küçük, 1980'li yılların başında rahatsızlandı ve iki-üç yıllık hastalık döneminde de Halkın Sesi'nde makaleler yazıp çeşitli sorunlarla ilgili görüşlerini sunuyordu. Dr. Küçük, Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti'nin kurulmasını büyük bir sevinçle yaşadı. Ölümünden önce verdiği son demeçte de, hastalığının geçtiğini söylüyor ve Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti'nin kurulmasını görmesi ile hayata yeniden kavuştuğunu vurguluyordu.